Identification of functional enolase genes of the silkworm Bombyx mori from

public databases with a combination of dry and wet bench processes wordpress_id: 3081 categories:


2016年年末にacceptになったとブログエントリ「Pfamから得たプロファイルHMMでhmmsearch」で書いた論文、ついにpublish。

**Identification of functional enolase genes of the silkworm Bombyx mori from public databases with a combination of dry and wet bench processes** Akira Kikuchi, Takeru Nakazato, Katsuhiko Ito, Yosui Nojima, Takeshi Yokoyama, Kikuo Iwabuchi, Hidemasa Bono, Atsushi Toyoda, Asao Fujiyama, Ryoichi Sato and Hiroko Tabunoki **BMC Genomics** 2017; **18**:83 DOI: 10.1186/s12864-016-3455-y

DOI: 10.1186/s12864-016-3455-y なので、ブログエントリ「DOIのすゝめ」に書いたとおり、この論文のウェブサイトのURLは以下の通り。 http://doi.org/10.1186/s12864-016-3455-y

Figure1にある流れに沿って、ドライとウェットベンチの連携によって公共データベースから機能しているカイコガ(Bombyx mori)のエノラーゼ遺伝子群を同定。 ブログエントリ「Pfamから得たプロファイルHMMでhmmsearch」に書いたように、公共データベースにある(予測された)タンパク質配列に対して、プロファイルHMM(Hidden Markov Model)を用いて、機能ドメインを持ってそうな配列を抽出。 Figure4の元となる可視化は、実はTIBCO Spotfire Cloudで作成されていて、これもブログエントリ「TIBCO Spotfireアカデミックフリー化」にあるacademic freeの恩恵を受けての成果。 DBCLSで作成しているTogo Picture Galleryの画像が複数のFigure(fig1, fig3)に利用されているのも、我々の論文ぽいセールスポイント。

First authorは修士課程2年の学生さんで、彼の修論発表に間に合ったのがとても良かった。おめでとう。


Written by bonohu in misc on 土 14 1月 2017.