IGVはじめました
IGV(Integrative Genomics Viewer)をいじってみた。まずは、統合TVの基本編の方を見て。ダウンロードするときに所属機関の記入が必須の模様。'IGV 使い方'でググって出てきたウェブサイトも参考にしながら、データを準備して以下の読み込むところまで。 今回の対象が予め用意されたgenomeにない非モデル生物種だったので、bamファイルを作成する際に使ったFASTAファイルを読み込むところから始める、裏口入学でw。メニューバーの「Genomes」→「Load genome from File…」からFASTA形式のゲノム配列を読み込んで。
ただ幸いなことに、すでにsamからbamに変換されたファイルをもらっていて
[shell] samtools view -bS hoge.sam > hoge.bam [/shell]
のsam-bam変換は必要なかったので、以下のsort & indexを作るところから。
[shell] samtools sort hoge.bam hoge_sorted samtools index hoge_sorted.bam [/shell]
このプロセスはマルチプロセッサ対応でないため、それなりに時間がかかったので要注意(並列化対応しています。「samtools sortの並列化」参照)。とくにsortの方。「File」→「Load from File…」で可視化したいbamファイルを開いて。indexのほうでなくて.bamの方を。あとは自分の眼だけが頼りの世界に…。Good luck!