Trim Galore! のインストール

Trim Galore! (trim_galore)を使うためにはfastqcとcutadaptのインストールが必要となる。cutadaptはpipでインストールできるのだが、そのpipはデフォルトでは入っていない。 pipのインストールには、いくつかのやり方があるが、ここではhomebrewでpython3を入れて、その際に入るpip3を利用する方法をとる。ここでpython3,pip3と末尾に3が付いているのは、pythonのバージョン3のそれ、ということで、デフォルトで入っているバージョン2のそれらと区別するためにそうなっている。

[shell] brew install -v python3 [/shell]

homebrewでのインストールを推奨しているのは、通常使う(rootでない)ユーザーでのインストールができるからで、permissionの問題で後に困る可能性を軽減するため、である。

余談だが、ここで使っているシェル(bashとか)によってはrehashを実行しないと、以下のコマンドを続けて入力した時に

command not found: pip3

と言われるので、忘れずに実行する。シェルを再度起動し直す場合には不要である。

そして、いよいよpip3を使ってcutadaptをインストールする。

[shell] pip3 install cutadapt [/shell]

trim_galoreは、zipをダウンロードしてきて展開、/usr/local/bin/にコピーしてインストールする(以下)。

[shell] curl -O http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/trim_galore/trim_galore_v0.4.2.zip unzip trim_galore_v0.4.2.zip cp trim_galore /usr/local/bin/ [/shell]

trim_galoreをすぐにコマンドラインで使おうとしてもやはりここでもcommand not foundと言われるので、rehashする。

なお、trim_galoreの実行は過去のブログエントリを参照


Written by bonohu in misc on 月 26 12月 2016.