Trim Galore! のインストール
Trim Galore! (trim_galore)を使うためにはfastqcとcutadaptのインストールが必要となる。cutadaptはpipでインストールできるのだが、そのpipはデフォルトでは入っていない。 pipのインストールには、いくつかのやり方があるが、ここではhomebrewでpython3を入れて、その際に入るpip3を利用する方法をとる。ここでpython3,pip3と末尾に3が付いているのは、pythonのバージョン3のそれ、ということで、デフォルトで入っているバージョン2のそれらと区別するためにそうなっている。
brew install -v python3
homebrewでのインストールを推奨しているのは、通常使う(rootでない)ユーザーでのインストールができるからで、permissionの問題で後に困る可能性を軽減するため、である。
余談だが、ここで使っているシェル(bashとか)によってはrehashを実行しないと、以下のコマンドを続けて入力した時に
command not found: pip3
と言われるので、忘れずに実行する。シェルを再度起動し直す場合には不要である。
そして、いよいよpip3を使ってcutadaptをインストールする。
pip3 install cutadapt
trim_galoreは、zipをダウンロードしてきて展開、/usr/local/bin/にコピーしてインストールする(以下)。
curl -O http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/trim_galore/trim_galore_v0.4.2.zip
unzip trim_galore_v0.4.2.zip
cp trim_galore /usr/local/bin/
trim_galoreをすぐにコマンドラインで使おうとしてもやはりここでもcommand not foundと言われるので、rehashする。
なお、trim_galoreの実行は過去のブログエントリを参照。