MACS2のインストール

ChIPseqな解析でよく用いられるMACS(Model-based Analysis for ChIP-Seq)。てっきりhomebrewにあると思ってbrew install MACS2とかしてみたものの、ない模様。こんな有名なツールがまさか、と思って調べてみたら…別の手段で簡単に入るというオチでした。

オリジナルのINSTALL手順によるとversion2のMACS2だとPython2.7が必須で2.7.2以降が推奨の模様。そして、Numpy の1.6以上が必要とのこと。これが揃っているとあとは

[shell] pip install MACS2 [/shell]

すればmacs2がインストールされるとのこと。これもpythonだったんですね。 Numpyも

[shell] pip install Numpy [/shell]

で入ります。

pipが入っていない?そういう場合は、

[shell] easy_install pip [/shell]

にてインストール。easy_installはpythonを入れると入るはずですが、ない場合は

[shell] brew install python [/shell]

しましょう。

そしてオイラが書くまでもなく、MACS2のDockerfileもdockerhubにあるという…。さすが。


Written by bonohu in misc on 土 21 2月 2015.