MACS2のインストール
ChIPseqな解析でよく用いられるMACS(Model-based Analysis for ChIP-Seq)。てっきりhomebrewにあると思ってbrew install MACS2とかしてみたものの、ない模様。こんな有名なツールがまさか、と思って調べてみたら…別の手段で簡単に入るというオチでした。
オリジナルのINSTALL手順によるとversion2のMACS2だとPython2.7が必須で2.7.2以降が推奨の模様。そして、Numpy の1.6以上が必要とのこと。これが揃っているとあとは
[shell] pip install MACS2 [/shell]
すればmacs2がインストールされるとのこと。これもpythonだったんですね。 Numpyも
[shell] pip install Numpy [/shell]
で入ります。
pipが入っていない?そういう場合は、
[shell] easy_install pip [/shell]
にてインストール。easy_installはpythonを入れると入るはずですが、ない場合は
[shell] brew install python [/shell]
しましょう。
そしてオイラが書くまでもなく、MACS2のDockerfileもdockerhubにあるという…。さすが。