tophatのインストール
Macosxの場合のtophatのインストールコマンド。もちろん、tophatのサイトからバイナリファイルを取ってきてそれを使うのでもいいのですが、tophatから呼び出される依存関係のあるプログラムも同時にインストールしてくれる点でhomebrewが便利なので、こちらを推奨します。
[shell] brew tap homebrew/science -v brew install -v tophat [/shell]
sratoolkitは、tophatとは依存関係がないものの、公共NGSデータベースのSRA(Sequence Read Archive)からダウンロードしてきたデータからfastqファイルを生成する際に必要なので入れておくことを推奨します。
[shell] brew install -v sratoolkit [/shell]
mappingする対象のreference genomeは、検索可能になるよう、あらかじめインデックスを作成しておく必要があります。Reference genomeがhogenome.faというファイルで、hogeという名前でインデックスを作成する場合は以下のようにコマンドを実行します。
[shell] bowtie2-build -f hogenome.fa hoge [/shell]