justRMAでnormalize
マイクロアレイデータを再利用する場合、それらのデータのnormalizeは必須です。 GeneChipの場合、normalizeしたいCEL形式のファイル群を同じディレクトリに入れておいて、一気にやってしまうことがjustRMAで可能です。
まずRが入っているかどうか。入っていない場合、Mountain lion(10.8.4)の場合、homebrewで [shell] brew install -v R [/shell] とするだけでRの最新版(2013/6/17現在、3.0.1)をインストールできます。 WindowsだとCRAN、たとえば筑波大のCRAN mirrorからダウンロードするとよいでしょう。
[shell] source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("affy") library(affy) write.exprs(justRMA(), file="RMA.txt") [/shell]
実行はCELファイルだけを置いたディレクトリ(フォルダ)を作成して、そのディレクトリにcdして実行しましょう。 これで、そのディレクトリにRMA.txtという正規化済みのテキストファイルができます。デフォルトでCELファイル名のラベルが各columnごとについているので、それをわかりやすい名前にしてあとの処理を任意の可視化ソフトで行うと良いでしょう。 Windowsの場合、最後の行でRMA.txtを作成する前に、Fileメニューにある'Change dir...'でCELファイルのあるディレクトリを指定しておく必要があります。
以前はbiocLite()だけでaffyがインストールされたのですが…時代の流れですかねえ。