Kaiko RefEx
カイコのリファレンストランスクリプトームデータ公開
微力ながら参画させていただいたカイコリファレンストランスクリプトームセットを作るプロジェクトの論文がbioRxivから公開。
Reference transcriptome data in silkworm Bombyx mori https://doi.org/10.1101/805978
それに伴って、データも同時に全部オープンに。
- 生配列データは Sequence Read Archive (SRA)へ
DRA008737 - アッセンブルしたトランスクリプトームデータ（配列）は、 Transcriptome Shotgun Assembly (TSA)へ
ICPK01000001-ICPK01051926 - 遺伝子発現量は、Gene Expression Archive (GEA)へ
E-GEAD-315 - 以上の公共データアーカイブに置けないデータは、JSTバイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)のDBarchiveへ
doi:10.18908/lsdba.nbdc02443-000.V001
1と2に関しては、DDBJのニュースに、また4に関してはNBDCのニュースとして取り上げられた。 前者でGEAに関して言及がないのは謎であるが。
Bulkの解析にはこのデータの公開だけで十分であるが、GUIから見れる仕組みも公開される予定があるのでお楽しみに。
【2019年11月7日追記】DDBJのニュースに、GEAのエントリのほか、NBDCのDBarchiveにアーカイブされたデータや、bioRxivの論文へのリンクが追記。 ありがとうございました。