kallisto
遅ればせながら、kallistoを試す。日本語でブログに書いている人もいる模様だが、最新の情報は英語の本家のドキュメントから。
indexはtranscriptのFASTAファイルに対して。つまりtranscriptごとの発現定量がなされるわけである。
time kallisto quant -i index -o results/ -t 12 test1.fq test2.fq
23Mのpair-end readのGRCh38なtranscriptでの定量が
275.06s user 9.22s system 438% cpu 1:04.81 total
つまり約1分。爆速である。
time kallisto quant -i index -o results/ -t 12 -b 100 test1.fq test2.fq
bootstrapで100回計算しても
4696.23s user 19.67s system 845% cpu 9:17.60 total
10分かかってない。