GTExへのリンク

human transcriptomeのデータベース The Genotype-Tissue Expression (GTEx) へリンク張るには、いわゆる遺伝子名(Gene Symbol)で、例えばEPAS1の場合、

http://www.gtexportal.org/home/gene/EPAS1

とすればいいが、これがEnsemblのGeneIDでもできるらしいことが、いろいろな種類のIDを試していて気づく。例えば

http://www.gtexportal.org/home/gene/ENSG00000116016

ってな具合に。実際にはENSG00000116016.9というバージョン(.9のこと)付きのIDに対するデータのようだが、それは付けていなくても大丈夫な模様。 こちらでID変換せずにすみ、リンクする手間が減って助かったが、なぜNCBI GeneIDやRefSeqIDじゃなくて、EnsemblなIDで?


Written by bonohu in misc on 木 19 1月 2017.