Mountain Lion で local BLAST
MountainLion(MacOSX10.8.4)のhomebrewでBLASTがとくにいぢらなくても入るようになった模様です。バージョンの確認は、左上のリンゴマークメニューから「この Mac について」を選んで出てくるウインドウで確認できます。
homebrewのインストールは「homebrew インストール」でググって入れてもらうとして、ここではlocal BLAST(以下、単にBLASTと書きます)を入れる際につまづきそうなことだけ。
普通に
[shell]
brew install blast
[/shell]
とやってもBLASTなんて知らんといわれてインストールされません。
[shell]
brew tap homebrew/science
[/shell]
としてレポジトリを追加する必要があります(この場合、homebrew-science)。そうしてから
[shell]
brew install -v blast
[/shell]
とすると…2013年6月6日現在だと2.2.28のBLASTのコンパイルが始まります。コンパイルには結構時間がかかると思いますが、終わったら。
[shell]
blastn -version
[/shell]
とすると
blastn: 2.2.28+
Package: blast 2.2.28, build Jun 6 2013 08:06:15
のようなメッセージが返ってきたら最新版がインストールされています。BLASTの使い方は統合TVやAJACS名古屋でのテキストが参考になるでしょう。そのうち、ここぼうのブログでもまとめるつもりです。