MEGA début
分子系統樹の描画といえば、これまでJalviewで満足してきた。しかしながら、bootstrap値の計算など系統樹描画に限界を感じ、食わず嫌いはいかんと思い立ち、MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis)をいじってみた。 近頃では、大体のソフトウェアはいろいろいじっていると実現できてしまうことが多いのだが、このMEGAは難解だった。そこで、ググって作者の首都大学東京の田村先生による授業用(?)のPDFを見つけてそれに沿って進めてみた。 まずWindows版がメインっぽいことがわかり、version7をParallels Desktop上のWindowsに入れようとするも、MEGA7は64bit版しかなくて動かず。しょうがないので、MEGA6をインストールしてやってみたら、とりあえずできたので、macOS版に戻ってversion7を試した。どうやら最初、自分がやろうとしたデータセットがでかすぎてよろしくなかったらしい。メガって名前なのに…。
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MEGA7で描いたhif1aの分子系統樹[/caption]
だが結果として、無根系統樹であるとか、bootstrapを手軽に計算して、などができる手段ができた!あとは、メガなデータを食わせられるか、だが。