Meta-analysis of Heat-Streassed Transcriptomes Published
公共遺伝子発現データベースを用いたヒトとマウスの熱ストレストランスクリプトームのメタ解析論文出版
M2の大学院生がfirst authorである公共遺伝子発現データベースを用いたヒトとマウスの熱ストレストランスクリプトームのメタ解析の論文が、査読ずみ論文としてInternational Journal of Molecular Sciences (IJMS)から公開。
Meta-Analysis of Heat-Stressed Transcriptomes Using the Public Gene Expression Database from Human and Mouse Samples
https://doi.org/10.3390/ijms241713444
実に8月1日に投稿して、10日にMajor Revisionで返ってきて、お盆休みを挟んで21日に再投稿し、29日にacceptとなったのであった。 しかし、論文自体はその3ヶ月前の5月1日にbioRxivにアップしていて、すぐに査読誌に投稿していたものの、まあ色々とあって。
Preprint published! https://t.co/UbdRS9jPEP
— オープンサイエンス推進者なので情報を共有しない鍵垢はフォロー解除するぼうのうひでまさ (@bonohu) May 1, 2023
大学時代に熱を発する植物の研究とその代謝酵素を研究していたとあって、熱ストレスをテーマにトランスクリプトームメタ解析をやってもらった。 データ解析手法を覚えてもらうため、公共データの多いヒトとマウスのデータで試してもらったが、目論見通りデータ操作やプログラミングの良い練習問題になった。
それのみならず、いくつかの発見も。 これまでよく研究されてきたと分野でHSP関係が確かに発現変動しているものの、それ以外に変動するものも見えており。 さらに公共ChIP-seqデータのメタ解析結果を利用することで、これまで知られているHSF1,HSF2以外にもPPARGC1A(PGC-1α)によって制御されている遺伝子群も熱ストレスで変動するそれの模様。 データ駆動型の研究ならではの発見である。
温暖化が言われ、気候変動していく今、メタ解析による熱ストレスの発現変動遺伝子群のデータはきっと有用になってくると確信している。