Meta-analysis of Plant Abiotic-Streassed Transcriptomes Published
公共遺伝子発現データベースを用いた植物のアブシジン酸関連ストレストランスクリプトームのメタ解析論文出版
M2の大学院生がfirst authorである公共遺伝子発現データベースを用いた植物のアブシジン酸関連ストレストランスクリプトームのメタ解析の論文が、査読ずみ論文としてFrontiers in Plant Scienceから公開。
Meta-analysis of public RNA sequencing data of abscisic acid-related abiotic stresses in Arabidopsis thaliana
https://doi.org/10.3389/fpls.2024.1343787
11月末に投稿して、翌3月にaccepted、そしてpublished。 なので、ほぼ4ヶ月で出たわけだが。 論文自体はその年の4月末にbioRxivにアップしていて、いろいろなところに出したのだが、オリジナルデータがないということで門前払いのところも多く。 そういうわけで11ヶ月、つまり約1年かけて出版されたという労作。
アブシジン酸(ABA)およびABAと関連する塩、乾燥、浸透圧、低温の5つのストレスによるトランスクリプトーム(RNA-Seq)データを公共遺伝子発現データベースから集めてきてメタ解析。 そこからゲノム編集の候補遺伝子となるような遺伝子群を絞り込んでいるのであるが、もともとの目的は、データ解析手法を覚えてもらうため。 公共データの多いシロイヌナズナで試してもらったが、目論見通りデータ操作やプログラミングの良い練習問題になった。
この研究で得た技術をベースにこれからも研究を進めていってほしい。