PAGS Bioinformatics Book
独習 Pythonバイオ情報解析
これもまた、Twitterでその出版予定を知る。 2021年3月末に出版されるらしい。 副題が「Jupyter、NumPy、pandas、Matplotlibを理解し、実装して学ぶシングルセル、RNA-Seqデータ解析」で、 出版社のこの書籍のページの説明文に曰く、
Pythonでバイオインフォに取り組み、いずれは機械学習など始めたい方に。汎用的なテーブルデータ解析、可視化ライブラリを用いて、生命科学特有のシングルセル、RNA-Seq解析を実装しつつ学べる。
この通りだとすると、中上級者向けだろうと思ったが、目次を確認してそれを確信。 その章だては以下の通り。
はじめに 第1章 この本の使い方と事前準備 第2章 Jupyter Notebook の使い方 第3章 Python 速習コース 第4章 文字列処理の基本 〜ファイルの読み書き，正規表現 第5章 Biopython を用いた塩基配列データの扱い方 〜オブジェクト指向入門 第6章 pandas はじめの一歩 〜表形式データの扱い方 第7章 RNA-Seq カウントデータの処理 〜pandas 実践編 第8章 データの可視化 〜Matplotlib，Seaborn を用いたグラフ作成 第9章 統計的仮説検定 〜RNA-Seq データを用いた検定の基本からモデル選択まで 第10章 シングルセル解析① 〜テーブルデータの前処理 第11章 シングルセル解析② 〜次元削減 第12章 シングルセル解析③ 〜クラスタリング 付録A NumPy 入門 付録B Scanpy を使ったシングルセル解析
出版が楽しみである。