新規モデル生物NGS解析にpitagora-galaxyは使えるか?
pitagora-galaxy meet-up(2016/07)に飛び入り参加してきた。昨年にGalaxy Workshop Tokyo 2015に参加し、VirtualBoxを使って仮想環境でデータ解析する仕組みのチュートリアルを受けて以来。それから1年間経ってのアップデートを期待して。 ここにある手順通りに再実行。まずはバージョンアップしていなかったVirtualBoxのバージョンアップから。OVAイメージも最新に。RNA-seqのワークフローを例として、新規モデル生物の配列データ解析で使えるレベルになっているかという観点から動かしてみた。テストデータではちゃんと動いたが、実際の生データではどうだろう?今度試してみたい。 仮想環境を使うゆえにメモリを大量に消費する計算はこの環境では厳しそう。だが、コマンドライン操作に不馴れな生命科学者にとってデータ解析の取っ掛かりには優れたツールだと再確認。今年度後半に予定している遺伝研研究会「次世代モデル生物におけるゲノム情報利用ワークショップ」(PDF)でハンズオンとかできるといいかなと思った次第。