RNA-Seq recipe 2 dispatch
RNAseqレシピ本2第一報
去年(2022年)9月。 パシフィコ横浜で開催された第81回日本癌学会学術総会には出れなかったものの、他の用事で上京していた。 その際に桜木町駅にて、RNA-Seqデータ解析レシピ本の今後に関して出版社の方と話し合った。 ANNUAL UPDATEが3回終わって次をどうするか、ということなのだが、実際には改訂版をどういう方向性で出すかということに関しての話し合いがメインだった。
まず1番に対処しないといけないのは、Apple silicon搭載Mac、Windows(WSL2)やDocker環境での解析実行に関して。 特に前者はお手上げという人も少なからずいるようなので、その対処法を主に。 その次に、追加したい項目。 まずは、リファレンスゲノムを用いない（使うことができない）非モデル生物（新規モデル生物と言いたい！）での解析。 そして、公共DBからデータを取得してきて自ら再解析するところから始まるメタ解析。 それらをカバーすべく、内容を精査した結果が今回の改訂版。 長くなった書名「改訂版RNA-Seqデータ解析 WETラボのための超鉄板レシピ ヒトから非モデル生物まで 公共データの活用も充実」 にそれが込められている。 その結果、前回255ページだったのが、改訂版では302ページとなっている（約2割増し）ところから分かる通り、内容が大幅に増えている。
なお、この本のtwitterのハッシュタグは #RNAseqRecipeのつもり。 この本に関わるtweetはこのハッシュタグを是非。