RNAseqRecipe chapters

RNAseqレシピ本の章立て

本日(2019年11月11日)に「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」(以下、RNAseqレシピ本)の表紙イメージと章立てが出版社(羊土社)のウェブページAmazonで公開された。 サムネールは準備中のようで現状出てないが、以下のリンクをたどると表紙イメージを見ることが出来る。

ここにもその章立てを紹介しておく。

  1. まずはこれだけ!解析環境を整える〜Mac+Biocondaを中心に
  2. データを入手する
    • 2.1. RNA-Seqの注意点〜外注時のリード数,小分子・長分子での違いなど
    • 【コラム】 RNA-Seq vs マイクロアレイ
    • 2.2. 公共データの利用〜AOEとRefEx,SRAデータ取得,メタ解析
  3. 転写産物の発現を定量する
    • 3.1. リファレンスゲノムにマッピングする方法①〜HISAT2 + StringTie
    • 3.2. リファレンスゲノムにマッピングする方法②〜STAR + RSEM
    • 【コラム】 Strand NGS〜RNA-SeqデータをGUIで解析する
    • 3.3. リファレンスゲノムにマッピングしない方法〜salmon,kallisto,tximport & RNA-Seq定量にまつわるFAQ
    • 3.4. 転写開始点を解析する方法〜CAGE
    • 【コラム】 各種ツールの実行時間比較
  4. リファレンスゲノムのない生物でde novo解析を行う
  5. 発現変動遺伝子群を検出する
  6. サンプル間の発現変動した遺伝子群の機能を推定する〜エンリッチメント解析
    • 【コラム】 Ingenuity Pathway Analysis〜発現プロファイルの生物学的意義をGUIで解析する
    • 【コラム】 アノテーション情報とID変換〜Gene Ontology,BioMart,Spotfire
  7. 多数のサンプル間の類似度を比較する〜1細胞RNA-Seqの場合
    • 7.1. 次元削減と可視化
    • 7.2. 類似度の計算とクラスタリング
    • 【コラム】 1細胞RNA-Seq解析の動向
  8. リードカウント以降の統合解析をウェブブラウザで行う〜iDEP
  9. 論文投稿に必須!データを登録・公開する〜DRA,GEA
    • 【コラム】 解析結果を論文発表する際にはここに気をつけよう

コマンドラインデータ解析環境整備(1.まずはこれだけ!解析環境を整える)や配列解読を外注するところ(2.1 RNA-Seqの注意点)から始まって、データを登録するところ(9. 論文投稿に必須!データを登録・公開する)までの解説書は他にはない。 また、さまざまな発現定量ツールのレシピ(3. 転写産物の発現を定量する)が用意されているのも。 門田法こと、TCCによる解析手法のGUI、TCC-GUIの解説(5. 発現変動遺伝子群を検出する)も原著論文以外日本語では初公開。 しかし、何と言っても売りは、「1細胞RNA-Seq」を扱ったChapter7だろう。 ウリを紹介しだしたら枚挙にいとまがないので、この辺にしておく。

自分で書いた章(2.2 公共データの利用)やコラムもあるが、多くの識者に執筆をお願いした。 日々の研究でお忙しいところ、時間を割いて寄稿していただいたことに感謝したい。 ありがとうございました。

なお、発行日は2019年11月29日で、一般書店は早いところだとその日から発売になるとか。 しかし、Amazonの発売日は流通の関係で遅くなってしまうようで、2019年12月5日。 1日も早く手に入れたい人は、分セー会場にくれば2019年12月3日から確実に手に入るかと。 しかも会場で著者を見つければ、きっとサインもしてもらえるに違いない。


Written by Hidemasa Bono in RNAseqRecipe on 月 11 11月 2019.