RNAseqRecipe chapters
RNAseqレシピ本の章立て
本日（2019年11月11日）に「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」（以下、RNAseqレシピ本）の表紙イメージと章立てが出版社（羊土社）のウェブページとAmazonで公開された。 サムネールは準備中のようで現状出てないが、以下のリンクをたどると表紙イメージを見ることが出来る。
ここにもその章立てを紹介しておく。
- まずはこれだけ！解析環境を整える〜Mac＋Biocondaを中心に
- データを入手する
- 2.1. RNA-Seqの注意点〜外注時のリード数，小分子・長分子での違いなど
- 【コラム】 RNA-Seq vs マイクロアレイ
- 2.2. 公共データの利用〜AOEとRefEx，SRAデータ取得，メタ解析
- 転写産物の発現を定量する
- 3.1. リファレンスゲノムにマッピングする方法①〜HISAT2 + StringTie
- 3.2. リファレンスゲノムにマッピングする方法②〜STAR + RSEM
- 【コラム】 Strand NGS〜RNA-SeqデータをGUIで解析する
- 3.3. リファレンスゲノムにマッピングしない方法〜salmon，kallisto，tximport & RNA-Seq定量にまつわるFAQ
- 3.4. 転写開始点を解析する方法〜CAGE
- 【コラム】 各種ツールの実行時間比較
- リファレンスゲノムのない生物でde novo解析を行う
- 発現変動遺伝子群を検出する
- サンプル間の発現変動した遺伝子群の機能を推定する〜エンリッチメント解析
- 【コラム】 Ingenuity Pathway Analysis〜発現プロファイルの生物学的意義をGUIで解析する
- 【コラム】 アノテーション情報とID変換〜Gene Ontology，BioMart，Spotfire
- 多数のサンプル間の類似度を比較する〜1細胞RNA-Seqの場合
- 7.1. 次元削減と可視化
- 7.2. 類似度の計算とクラスタリング
- 【コラム】 1細胞RNA-Seq解析の動向
- リードカウント以降の統合解析をウェブブラウザで行う〜iDEP
- 論文投稿に必須！データを登録・公開する〜DRA，GEA
- 【コラム】 解析結果を論文発表する際にはここに気をつけよう
コマンドラインデータ解析環境整備(1.まずはこれだけ！解析環境を整える)や配列解読を外注するところ(2.1 RNA-Seqの注意点)から始まって、データを登録するところ(9. 論文投稿に必須！データを登録・公開する)までの解説書は他にはない。 また、さまざまな発現定量ツールのレシピ(3. 転写産物の発現を定量する)が用意されているのも。 門田法こと、TCCによる解析手法のGUI、TCC-GUIの解説（5. 発現変動遺伝子群を検出する）も原著論文以外日本語では初公開。 しかし、何と言っても売りは、「1細胞RNA-Seq」を扱ったChapter7だろう。 ウリを紹介しだしたら枚挙にいとまがないので、この辺にしておく。
自分で書いた章(2.2 公共データの利用)やコラムもあるが、多くの識者に執筆をお願いした。 日々の研究でお忙しいところ、時間を割いて寄稿していただいたことに感謝したい。 ありがとうございました。
なお、発行日は2019年11月29日で、一般書店は早いところだとその日から発売になるとか。 しかし、Amazonの発売日は流通の関係で遅くなってしまうようで、2019年12月5日。 1日も早く手に入れたい人は、分セー会場にくれば2019年12月3日から確実に手に入るかと。 しかも会場で著者を見つければ、きっとサインもしてもらえるに違いない。