RSEM (RNA-Seq by Expectation-Maximization)

RSEM is a software package for estimating gene and isoform expression levels from RNA-Seq data.

というわけで、Trinityで遺伝子クラスターを作成した後に、Trinityがインストールされているディレクトリ(うちの環境だと /usr/local/Cellar/trinity/2.3.2/)中のutilディレクトリにある align_and_estimate_abundance.pl を実行する際に使うソフトウェア。しばらくチェックしていなかったらバージョンが上がって1.3.0になっていた。

http://deweylab.github.io/RSEM/のLatest versionのリンクからtarballをダウンロード。展開して、 [shell] make make install [/shell] でインストール完了。RSEMは直接実行するのではなく、上記のPerlスクリプトから呼び出されて使われる。


Written by bonohu in misc on 月 06 2月 2017.