rsem-tbam2gbam
RSEMの計算、TPMやFPKMなどしか見ないだろうと思っていたが、やっぱりgenomeに対するアラインメントを見る必要が出てきて。もちろん、--output-genome-bam をつけて再計算すればそれで良いのだが、それはそれでまた時間がかかる。長い計算の時にログを見ていた時に変換するコマンドがあったような…見つけられないので再計算しかけたが、その最中にログを見ていてわかった。rsem-tbam2gbamがまさにそれである! [shell] rsem-tbam2gbam -p 4 ref/hogenome_RSEM_ref hoge.transcript.bam hoge.genome.bam [/shell] 再計算する必要なく、transcript.bamからgenome.bamへと変換できる。RSEMのreferenceを指定する必要があるが。また、threadオプションもあるので、それも指定するとさらに実時間の実行時間は短くなる。 ただ、これで生成されたgenome.bamはIGVで見るには、sortした上でindex作る必要があるので注意。