RSEM with bowtie2
RSEM (RNA-Seq by Expectation-Maximization)は、内部からaligner programを呼び出して使うタイプの発現定量プログラム。 しっかりしたチュートリアルが用意されていて、それに従って実行。 まずはRSEMで使うリファレンスを準備。
#!/bin/sh
rsem-prepare-reference --gtf ref/hogenome.gtf \
--bowtie2 --bowtie2-path /usr/local/bin \
ref/hogenome.fa ref/hogenome_RSEM_ref
alignerとしてSTARも選べるが、ゲノム配列が発展途上の非モデル生物のゲノム配列ではSTARのindex作成がうまくいかなかった(メモリ不足になる)ため、今回はチュートリアル通り、bowtie2で。 そして、実行。
#!/bin/sh
rsem-calculate-expression -p 8 \
--bowtie2 --bowtie2-path /usr/local/bin \
--estimate-rspd \
--append-names \
fq/fuga1.fq \
ref/hogenome_RSEM_ref RSEM/fuga1
今回は発現定量値だけ必要だったので、--output-genome-bamというgenome座標系によるbamファイルは作成せずに。