ゲノムマッピング結果をwigで表示
Bowtieなどで単にゲノムマッピングした結果(sam/bam形式)を各位置ごとに数値で表現してみたいというときに。マシンパワーと出力されるデータ量の制限で10塩基刻みでwigに変換するには [shell] samtools mpileup hoge_sorted.bam | perl -ne 'BEGIN{print "track type=wiggle_0 name=fileName description=fileNamen"};($c, $start, undef, $depth) = split; if ($c ne $lastC) { print "variableStep chrom=$cn"; };$lastC=$c;next unless $. % 10 ==0;print "$startt$depthn" unless $depth<3;' > hoge.wig [/shell] ってなかんじで。hoge_sorted.bamが元の(ソートされた)bamファイル、hoge.wigが出力のwigファイル。前者は、(すでに何エントリ前かにも書いたように)以下のようにbowtie2で単にmapping、sam→bam変換、bamのsortを経て作成したもの。 [shell] bowtie2 -q -p 2 -x GRCh37 -U hoge.fastq -S hoge.sam samtools view -bS hoge.sam > hoge.bam samtools sort hoge.bam hoge_sorted [/shell]