samtools indexも並列化
割とすぐに終わるからこれまで特に気にしていなかったが。調べてみたら、やはりsamtools indexもスレッドオプションがあった。他のコマンドと同じで-@のあとに上限スレッド数を指定する。この例の場合、4。 [shell] for f in *.bam; do samtools index -@ 4 $f done [/shell] 並列化の効果あって、結果が得られるのが早くなった。「indexがない！」と別のアプリケーション(例えば、IGV)で怒られてindexを作ることが多いので、早く返ってくるのは嬉しいかと。最初から作っとけよ、という話もないではないが…。 複数のファイルを引数指定できるといいのだが、上述のように書けば済む話なのでよしとする。