sequenceserver
先月のBioHackathonで参加者たちがそれぞれに持ってきた研究紹介のパンフレットを見ていて発見したのが、このsequenceserver。何の事はない、Ruby製のlocalBLASTのGUIなinterfaceなのだが、これがinteractiveに複数BLASTをかけてそのalignmentの結果をチェックしたい時になかなか便利。便利だと思っている点をまとめると
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それはqueryに対してどこにヒットしたかという、かつてのpaintBLAST的な出力がトップに出る
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queryをコピペしたら塩基配列かアミノ酸配列か自動判別してくれる
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検索対象のDBが、塩基配列系とアミノ酸配列系でリストされ、チェックボックスで選べる
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足したいパラメータを追加で指定できる
といったところ。繰り返して使う時の設定しないといけない点の少なさがとても良いかと。
インストールは、以下のとおり、gem installで。 [shell] sudo gem install sequenceserver [/shell]
だが、これがかなり時間がかかるので、
[shell] sudo gem install -V sequenceserver [/shell]
にしてverboseモードにしたほうが精神衛生上よいかと。インストールできたら
[shell] sequenceserver [/shell]
でサーバー起動、ウェブブラウザも起動してhttp://localhost:4567/へアクセスしに行く。そうするとlocalBLASTの画面が出て、利用可能なDBがリストされる。デフォルトだとcurrent directoryのため、なにも表示されないかもしれないので、
[shell] sequenceserver -d=~/Documents/db [/shell]
でDBとして使いたいFASTA形式のファイル(makeblastdb済み。-mオプションで、かかっていなくても自動でかけてくれるらしいが、試していない)が置いてあるPATHを指定したほうが良いかも。
オプションでCPUの数(-num_threads)を指定しても効かないのでおかしいなあと思ったら、起動時のオプション(-n)で指定する模様。以下のようにしたら、BLASTが爆速に。
[shell] sequenceserver -n=24 [/shell]