sequenceserver2019
sequenceserver
需要あるので、以前書いたブログエントリを現状に合わせて見直して再掲載。
BioHackathon2015で参加者たちがそれぞれに持ってきた研究紹介のパンフレットを見ていて発見したのが、このsequenceserver。 何の事はない、Ruby製のlocalBLASTのGUIなinterfaceなのだが、これがinteractiveに複数BLASTをかけてそのalignmentの結果をチェックしたい時になかなか便利。
便利だと思っている点をまとめると
- queryに対してDB中の配列がどのあたりにヒットしたかという、かつてのpaintBLAST的なアラインメントのイメージがトップに出る
- queryをコピペしたら塩基配列かアミノ酸配列か自動判別してくれる
- 検索対象のDBが塩基配列系とアミノ酸配列系でリストされ、チェックボックスで選べる
- 足したいパラメータを追加で指定できる
といったところ。 繰り返して使う時に再度1から設定しないといけない点の少なさがとても良いかと。
BLASTをHomebrewやBiocondaで入れてある前提で、
インストールは、以下のとおり、gem installで。
sudo gem install sequenceserver
だが、これがかなり時間がかかるので、
sudo gem install -V sequenceserver
にしてverboseモードにしたほうが精神衛生上よいかと。インストールできたら
sequenceserver
でサーバー起動、ウェブブラウザも起動して http://localhost:4567/ へアクセスしに行く。
Chromeが立ち上がった場合は、Safariを起動してこのURLへアクセスし直した方がのちにアラインメントを見る際に等幅になって良いかと。
そうするとlocalBLASTの画面が出て、利用可能なDBがリストされる。
デフォルトだとcurrent directoryのため、なにも表示されないかもしれないので、
sequenceserver -d=~/Documents/db
でDBとして使いたいFASTA形式のファイル(makeblastdb済み。-mオプションで、かかっていなくても自動でかけてくれるらしいが、試していない)が置いてあるPATHを指定したほうが良いかも。
オプションでCPUの数(-num_threads)を指定しても効かないのでおかしいなあと思ったら、起動時のオプション(-n)で指定する模様。
sequenceserver -n=24
以下のようにしたら、BLAST実行時に並列化が効いて爆速に。