Soylatte事始め
DBCLS SRA Metadata Search の結果をJSONで取ってくるのを教えてもらったので、備忘録的に。
まずは出力されるJSONを処理するコマンドとして、jqをインストールしておく。
[shell] brew install -v jq [/shell]
で。SRAデータの中で、Study typeが'Transcriptome'、キーワードとして'heat shock'を含むものを取ってくるときには
http://sra.dbcls.jp/search/data/search?species=&type=Transcriptome&instrument=&query=heat%20shock'
のようなURLを叩けば結果がJSONで返ってくるようになっているようで、そこからStudy IDだけを取ってきたいときにはcurlと上記のjqとあわせて、
[shell] curl 'http://sra.dbcls.jp/search/data/search?species=&type=Transcriptome&instrument=&query=heat%20shock' | jq 'map(.study_id) ' [/shell]
のようにすればよいとのこと。車輪の再発明をしなくてすみました。ありがとうございます。