SPARQLthon29
- Docker
国内版BioHackathon BH14.14に出て、dockerまわりでやることが出てきたので、SPARQLthon参加。今年度最初の方に統合化支援との連携を探る目的で出ていたが、引っ越しやらなんやらで出なくなっていたので、久しぶり。
1日目は、BH14.14においてRefExのRDF化が進められたので、それのフォローアップとそれを使ったユースケースを考えたり。
2日目は、Dockerの利用でどう計算環境の構築が楽になるかを、すでにDockerfileがあったTrinityを例として実体験。実際にどう運用するかを考えたり。今すぐにというのはちょっと厳しそうなので、来る時代に備えておく感じ。
.sraファイルなどのデカいファイルは/のファイルシステムには置けないので、以下のようにdocker runの-vオプション(Bind mount a volume)を使ってdocker上でもマウントされるようにしてファイルを見えるようにする。
[shell]
coreos> docker run -it -v pwd:/data inutano/sra-toolkit bash
[/shell]
先週からの問題点であった、ファイルが大きすぎて置けない問題は解決。メモリもVagrantfileの
$vm_memory = 1024
となっているところの値を大きくすれば解決しそうとのこと。ありがとうiNutさん。