SPARQLthon31
- Docker
SPARQLthonが、職場のある三島での開催の今回。だが、自分は引き続きDockerでbioなツールを動かす系の構築に勤しむ。今回のキーワードは、「ゆくゆくはSPARQLを知らないといけない」。
前回のhackathon後、de novo transcriptome assembly系のTrinityをDocker上で動かすことを試みた。プログラムは走るものの、最後まで終了せず。実行に時間がかかるので、それと並行して以前にも取り組んでいて放置していたReference genome有り系のtophatのDockerfileとそれを動かす環境を検討。
このサイトを参考に固定バージョンのtophat(とbowtie)をインストールして動かせるようにするDockerfileを書いた。現状、Bowtieは2.2.5、tophatは2.0.14。そして、以下のコマンドでdockerを起動。
[shell]
coreos> cd share
coreos> docker run -it -v pwd:/data bonohu/ubuntu-tophat2
[/shell]
起動したらdocker上では
[shell]
cd /data
df .
[/shell]
して大容量ボリュームが/dataにマウントされているかを確認。このディレクトリ以下に中間ファイルや結果ファイルを置けば以前のようにファイルがあふれることはとりあえずない(はず)。そして、以下の様なコマンドでtophat本体を実行。
[shell]
tophat -o test_out -p 4 -r 100 db/hg19 1_1.fq 1_2.fq
[/shell]