StringTie
RNA-seqのためのtranscript assemblyとquantificationのプログラムStringTie。またオプションが変わっているかもしれんが、前に動かした時のそれ。 [shell] stringtie fuga.bam -p 4 -o fuga.gtf -G hogenome.gff -A fuga_abd.txt [/shell] -Gで指定しているhogenome.gffはGuideとなるreference annotation。-Aのそれがgene abundance estimation。-oでassembled transcriptsの出力を指定(GTFファイル)。