Suppression of mitochondrial oxygen metabolism mediated by the transcription factor HIF-1 alleviates propofol-induced cell toxicity
共同研究論文がScientific Reportsに掲載
関西医科大学 広田 喜一 学長特命教授を中心とした研究グループによる共同研究論文 “Suppression of mitochondrial oxygen metabolism mediated by the transcription factor HIF-1 alleviates propofol-induced cell toxicity” が Scientific Reports に掲載された。転写因子HIF-1によるミトコンドリアの酸素代謝の抑制がプロポフォールによって引き起こされる細胞毒性を緩和することを示した論文で、広田さんとの共同研究論文は2本目。
前回の論文のときと同様、RNA-seqデータ解析はその発現定量化などは、first authorの方が次世代シークエンサーDRY解析教本を元に自分でやり方を覚えてやってくれてて。とはいえ、自分でやってみて出てきた疑問点を中心にお答えする会を一度開いて教え込みましたが。
それ以外にもFigure6のGene set enrichment analysisなど、データ解析で貢献。あと、今回は配列データの登録も（前回はSRAからデータを検索してきて再利用しただけだったので登録はなかった）。これはSequence Read Archive(SRA, a.k.a. DRA)だけでなく、BioProjectとBioSampleにも同時に登録が必要で、何気に手間かもしれないが、DRAハンドブックを参照しながら、画面の指示に従ってやればちゃんとできるはず。ただ、実例を掲載するなど、利用者に対して配慮は必要だということは、自分でやってみた上で、さらに別件で学生さんと一緒にやってみての気づき。ぜひ、ご検討いただきたく。