非モデル生物での転写因子結合サイト予測
もちろん、ChIP-seqのデータがあればそれを利用すればいいのだが、多くの場合そういったデータのない非モデル生物種では、転写因子の結合の有無を調べるのに、転写因子結合サイトを予測する。 TRANSFACがそのデータベースとして老舗だが、有料になっている。 しばらくフォローしてなかったけど、JASPARが良くなっている。JASPAR CORE databaseとしてVertebrata, Nematoda, Insecta, Plantae, Fungiと生物グループごとにセットが分けられていて便利になっている。それ自体は狭山茶やっていた10年前に比べて増えているが、予測法自体は変わってない模様で、やはり閾値は自分で決めないといけないのと、生物学的にはfalse positiveが多い。