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統合TV本章立て

先日、Amazonに出てしまった 「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる!研究がはかどる定番18選」だが、本日メタデータが更新され、章立てまでもが公開された。

その内容は以下の通り。

Part 1 生命科学系研究室の新人が絶対に知っておくべき5 つのツール

  • 1章 PubMed で論文を効率的に検索する
    • PubMed とPMC の使い方
  • 2章 PowerPoint で欲しいイラストを描く
    • 遠沈管を描こう─基本操作を学ぶ
    • マイクロチューブを描こう─応用編
    • 3-D 書式で描こう
  • 3章 Google のサービスを活用する
    • Gmail の使い方
    • Googleドライブで共同作業を進めよう
    • Google Site で研究会のウェブサイトを作ろう
  • 4章 BLAST で遺伝子の配列類似性検索をする
    • NCBI BLAST の基本的な使い方
  • 5章 PCR プライマーを設計する- Primer3Plus とPrimer-BLAST
    • Primer3 で自分の実験条件に合ったプライマーを設計する
    • PrimerBlast でイントロン境界などの条件を設定する

Part 2 「 仮説・実験・解析・出版」の研究サイクルを加速させる便利なツール

  • 6 章 ImageJ で画像ファイルを操作する
    • ImageJ のソフトウェアを自分のパソコンにインストールする
    • ゲル写真を加工してみよう
    • バンド強度を半定量してグラフにしよう
  • 7 章 ゲノムブラウザを使って遺伝子を知る─ UCSC Genome Browser など
    • UCSC ゲノムブラウザで目的の遺伝子に関する情報を得る
    • UCSC BLAT で目的の遺伝子の配列をゲノム中から検索する
  • 8 章 英語表現や略語をすばやく検索する─ inMeXes とAllie
    • inMeXes で文献に頻出する英語表現や関連語をチェックしよう
    • Allie を使って略語の正式名称を検索する
  • 9 章 最新知見を日本語で知る・読む・学ぶ─新着論文レビューと領域融合レビュー
    • 新着論文レビューで新着論文の解説記事を閲覧する
    • 領域融合レビューで総説を閲覧する

Part 3 生命科学系データ解析の現場で,押さえておきたい「鉄板」ツール

  • 10 章 MEGAで系統樹を作成する
    • MEGA で配列のアラインメントや系統解析を行う
    • DoMosaics を使ってドメイン構造と系統樹を可視化する
    • MAFFT・RAxML・FigTree を組み合わせて分子系統解析を行う
  • 11 章 RefEx とChip-Atlas で公共の遺伝子発現データを快適に検索する
    • RefEx を使って正常組織での遺伝子発現を調べよう
    • ChIP-Atlas で,自分の遺伝子リストを制御する転写因子は何かを検索しよう
  • 12 章 Metascapeでエンリッチメント解析をして自分の持つ遺伝子リストを解釈する
    • Metascape でヒト,マウス,ラットのエンリッチメント解析を行う

Part 4 ビッグデータ時代の疾患ゲノム解析で使いこなしたいデータベース

  • 13 章 TCGAで各がん種の公開データのダウンロードや解析を行う
    • 変異や遺伝子名で検索してみよう
    • いろいろなデータをダウンロードしてみよう
  • 14 章 COSMIC でがん遺伝子の体細胞変異を調べる
    • COSMIC の基本的な使い方を知ろう
    • COSMIC-3D で立体構造を見てみよう
  • 15 章 GWAS Catalog で形質とバリアントの関連について検索する
    • GWAS Catalog を疾患名で検索してみる
    • SNP を染色体上に配置して見ることができる
  • 16 章 ClinVar で疾患に関連するバリアントを検索する
    • 疾患名から臨床的に重要なバリアントにたどりつこう
  • 17 章 gnomAD でヒトのエキソームやゲノムのデータから変異を探す
    • バリアント(変異)の臨床的意義や集団中の頻度を調べる
  • 18 章 GTEx Portal でヒトの各組織での遺伝子発現量や影響するeQTL を調べる
    • 遺伝子に影響するeQTL を調べよう

付録 動画作製の舞台裏

  • 付録1 統合TV の動画はどのように作られているか
  • 付録2 統合TV の静止画はどのように作られているか
  • 付録3 講演・講習会の収録とYouTubeLive 配信のノウハウ

確かに、18章あることがおわかりかと。


Written by 坊農秀雅 in togotv18 on 水 21 11月 2018.