Tophat2 on docker in Mac
- Docker
昨晩帰りがけにO/Nでのrunを仕込んだので、時間はかかるが一晩で終わるかと思いきや、途中でVirtual box自体が落ちてて終わらず。
仕方がないので、1万readに絞ったデータセットを作って、それで実行。するとすぐに実行終了してbamファイルが出来ていた。これでdocker上でもtophatはちゃんと動いて、大容量ボリュームに結果を記録できることが無事出来た。
前に作ったtophatのdockerfileとは異なり、必要なツールをインストールするだけで実際の実行は切り離し、docker上でinteractiveにできるように。これをいかに人手をかけずに実行できるようにするかが次の課題に。