TransDecoder in Docker
TransDecoderをDocker上で実行してみたが
Trinityがうまくいったので、その塩基配列をアミノ酸配列に変換するTransDecoderを。 BiocontainersのTransdecoderを使わせてもらう。
#!/bin/sh docker run --rm -v `pwd`:`pwd` quay.io/biocontainers/transdecoder:5.5.0--pl526_2 TransDecoder.LongOrfs \ -t `pwd`/$1 --output_dir `pwd`/transdecoder_dir docker run --rm -v `pwd`:`pwd` quay.io/biocontainers/transdecoder:5.5.0--pl526_2 TransDecoder.Predict \ -t `pwd`/$1 --output_dir `pwd`/transdecoder_dir
（Windows環境では、\(バックスラッシュ)が円記号¥になっているかもしれないので、要注意）
で実行してみたが、計算は動いているようなのだが最終的な出力が残らず。 最後の出力がcurrent directoryに出る仕様だからか？