Trinityの結果をtransdecoderでアミノ酸配列に翻訳する

先日のAJACSadvanced講習会で、Trinityで得た結果をアミノ酸配列に翻訳するプログラムをここで言及していないのに気がついたので。Trinityで得られるのは塩基配列レベルの情報で、それをアミノ酸配列に翻訳してくれるのがこのtransdecoder

brew install -v transdecoder でインストールされる。

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#!/bin/sh
TransDecoder.LongOrfs -t Trinity.fasta
TransDecoder.Predict -t Trinity.fasta

のように実行する。 実行したディレクトリにTrinity.fasta.transdecoder.pepというファイルができて、それにアミノ酸配列がFASTA形式で記録されている。詳しくはtransdecoderの本家ウェブサイト参照


Written by bonohu in misc on 月 19 12月 2016.