trim_galoreでトリミングとQC
トリミングしたうえでfastqcをかけてくれるソフトがこのtrim_galore。CutadaptとFastQCがすでにインストールされていることが必須(以下の使い方だと)。 singleの場合
[shell] trim_galore --fastqc --trim1 hoge.fq [/shell]
ペアエンドの場合
[shell] trim_galore --fastqc --trim1 --paired hoge_1.fq hoge_2.fq [/shell]