Trinityが動かない問題再燃
Trinityが動かない問題再燃。使っているバージョンは2.4.0。
以前に言及したFASTQヘッダの問題かと思ってfastq-dumpをいじってみた。
fastq-dump --defline-seq '@$sn[_$rn]/$ri' --split-files hoge.sra
が、そうして生成されたFASTQファイルは逆に、trimming(Trim Galore!)が動かなくなった。そこで、普通にfastq-dumpして得たFASTQファイルにtrimming後、FASTQファイルのヘッダファイルを改変するようにフィルタを書いてやってみたところ、動かない。その際、ご丁寧にbzip2圧縮していたのだが、どうもそれがまずいような気がした。というのも、実行がすぐに終わり、結果ファイルがちゃんと出来てないからだ。そこで圧縮を解いたファイルを指定してみると…。bzip2圧縮されていることが障害になっていた模様。ひょっとするとgzip圧縮なら問題ないのかもしれないが。