Trinity on docker in Mac
- Docker
SPARQLthon29では何故かネットワークの調子も悪く(DHCPが急に取れなくなったり)。容量の大きなFASTQファイルが手元になく、ダウンロードしてくることもかなわず、実行できずじまい。そこで、RNAseqなFASTQファイルを入手してdocker runのテスト。coreos上で
[shell]
coreos> docker run -it -v pwd:/data aewing/trinity-dockerfile
[/shell]
を実行。これの意味するところは、-vオプションを用いることで、coreos上の今いるディレクトリを/dataとしてdocker上でmountするということで、データ量の多いこの業界には非常に重要なポイント。
そして、docker上で以下のコマンドを。
[shell]
cd trinity
./Trinity --seqType fq --left /data/share/1_1.fastq --right /data/share/1_2.fastq --CPU 12 --JM 24G
[/shell]
つまり、trinityの実行。ちなみに、最後のオプション(--JM 24G)はウェブサイトに書かれているコマンド実行例と異なり、初心者挫折ポイントの一つかと。バージョンアップに伴ってパラメタが変更になったのにドキュメントがそれについていっていない例。
理論的にはこれで動くはずなのだが、現在実行中…。