Trinity on MacOSX
de novo transcriptome assemblyをするソフトウェアの定番のTrinityがhomebrewで入って動くようになりました(v2.2.0)。これまでhomebrewには入っていたものの、私の環境ではきちんのインストールできないでいました。必要なときはその都度DDBJのスパコンにお世話になっておりました。 それが手元のMacで動くようになったのは素晴らしいことです。
brew install -v trinity
でインストールして、
Trinity --seqType fq --left hoge_1.fq.gz --right hoge_2.fq.gz --max_memory 16G --CPU 4
というコマンドで実行するだけです(ペアエンドの場合)。入力としてはペアエンドのファイル2つ、hoge_1.fq.gzとhoge_2.fq.gzで、見ての通りfastqファイルはgzip圧縮を解かなくても実行可能です。
また、シングルエンドの場合は、
Trinity --seqType fq --single fuga.fq.bz2 --max_memory 16G --CPU 4
と指定するだけ。fuga.fq.bz2にあるように、bzip2圧縮でも問題なくそのまま実行できるようです。