転写因子のChIP-seqデータの可視化
まずはChIP-Atlasで調べる。目的の転写因子があれば、ラッキー。 ない場合は、"転写因子の遺伝子名"+"ChIP-seq"をqueryとしてNCBI GEOで検索。ヒットしてきたエントリを見ていって、ChIP-seqのデータがあるものを探す。FASTQ形式の生データに加えて、peak call後の解析済みデータ(多くの場合、bed形式)があればラッキーで、macs2などによる再計算不要。それをダウンロードする。圧縮は解かなくてもいい。 その場合、どのバージョンのゲノムに対して計算されたものかを原著論文にあたって調べる。そのバージョンのゲノムをUCSC Genome Browserで選択し、Custom trackとしてそのbedファイルをアップしてみると、ChIP-seqのpeakがゲノムブラウザ上に出現するように。