what is RNAseqRecipe

RNAseqレシピ本とは

RNA-Seqが遺伝子発現測定手法として使われるようになって久しい。 2016年には、実験医学別冊としてRNA-Seq実験ハンドブックが出版され、RNA-Seqを利用したさまざまな実験手法が日本語で紹介された。 私も「RNA-seqはこうして誕生したーそしてデータ再利用へ」と題したコラムを寄稿させていただき、著者の一人となっている。

しかしながらRNA-Seqを含めた次世代シークエンサーを使った実験手法は、分子生物学の他の実験手法と比して比べ物にならないのデータ量(一回の実験(RUN)で数Gb)が得られる。 また、そのデータ解析の過程で出てくるファイルなども膨大で、FAT32フォーマットの上限である4Gbを越えることも(DrBonoBonのp87のコラム参照)。 そういった体験したことのないサイズのファイルを対象にしたデータ解析に戸惑っている人が非常に多いこと。 もちろん、上述の本や、それよりも先に刊行されていた次世代シークエンサーDRY解析教本にそのデータ解析の具体的なやり方が書かれていたものの、それ以外のより新しい手法やアプリケーションが多く開発され、それらは日本語では紹介されてはいなかった。 何より、RNA-Seqデータ解析に特化したプロトコール本がなかった

そこで、2018年末の日本分子生物学会年会を契機に企画を開始。 年が明けて2019年になってから多くの達人たちにRNA-Seqデータ解析のレシピを紹介することを依頼していった。 並行して次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版の編集が進められていたので、著者の選定に非常に苦労したのはご想像のとおりである。 その結果、出来上がったのが、この「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」である。

この「RNAseqレシピ本」の中身を続けて解説したいところであるが、近日出版社から本の表紙や目次が公開されるので、それまでお待ちください!


Written by Hidemasa Bono in RNAseqRecipe on 土 09 11月 2019.