Wise2

Wise2で直接DNA-protein alignment

EBIのdirector Ewan Birneyによる、DNA-protein配列をpairwise alignmentするプログラムWise2はBiocondaにあってインストールは簡単だが、動かすのはちょっと大変かも。

まず、アミノ酸置換行列とコドンテーブルのファイルを指定しないといけないということでトラップ。それはcondaのディレクトリのshare/wise2/wisecfg以下に該当ファイルがあったので、それをコマンドラインで指定してやった。

その後、PfamのHMMとalignmentしようとしてもうまくいかず。それはどうもWise2がHMMER3という形式に対応していないからのようで、hmmconvertでHMMER2に変換してやることで使えるように。

デフォルトでthreadになっていないので遅いのだが、そこは-pthreadオプションを足してやることで有効になる模様。 CPUの数を指定するわけではないところがハマりポイントだった。

1496.89s user 3.88s system 99% cpu 25:08.06 total

single CPUだと25分かかっていたのが、-pthreadをつけると

3058.73s user 8.28s system 705% cpu 7:14.85 total

という具合に約7分に短縮された。並列化重要