自家製BLAST用DBから必要な配列エントリバッチ取得
自家製BLAST用DBから必要な配列エントリ取得の続き。 配列セットを作成したいときは2,3本でなく、数十本から数百本といったことが多いようです。
[shell] blastdbcmd -db oreno.aa -entry 'gi|5524211|gb|AAD44166.1|' [/shell]
といったコマンドを繰り返せばもちろん取得できますが、IDだけが書かれたファイルから一気にバッチ取得したい時がほとんどです。それ用のオプションも…ありました!
[shell] blastdbcmd -db oreno.aa -entry_batch 1.txt [/shell]
1.txtは1行ごとにIDが書かれた(改行コードがdelimiterとなっている)ファイル。こちらのほうがはるかに高速です。