AJACS advanced 6th done
統合データベース講習会AJACSa6河内を終えて
大阪府枚方市の関西医科大学にて、2019年7月25-26日に開催した、中上級向け講習会AJACSadvanced(AJACSa)のAJACSa6河内が終了した。
salmonの実行だけなら30分ほどで終了してしまうセミナーとなってしまうところだが、RUNデータの取得やSRAからFASTQへのフォーマット変換、トリミングなどを説明、できる限り自分でやってもらって3時間ちょいの講習となった。 流石にRUNデータの取得は全員ではやらず、あらかじめ用意してきた外付けUSB HDからコピーで代用。 それ以外の中間ファイルもそこに入れてできなかった時はそこから使うという三分間クッキング方式で。 様子を見ながら進めたが、発現定量してデータを得るまでで割とお腹いっぱいになったようだったので、今回は基本的にはそこまでに。
そんなことは余裕でできて時間を持て余してしまった上級者向けに、先日のShizuoka.ngs#2でもやったCommon Workflow Language(CWL)を使ってkallistoを実行するハンズオンの別の発現定量化ツール版を用意した。 それを取り組んでくれた人も何人かいたようだが、コケない限りは我々に訊いてこない参加者たちだったため、完全には把握できず。
会をアレンジしていただいた関西医科大学の広田喜一先生には大変お世話になりました。 ありがとうございました。