Exploratory Hypoxic Transcritome Meta-Analysis
新しいリファレンストランスクリプトームで新しい探索的メタ解析
D2の大学院生（社会人ドクター）による論文がbioRxivから公開された。
Exploratory Meta-Analysis of Hypoxic Transcriptomes Using a Precise Transcript Reference Sequence Set
https://doi.org/10.1101/2022.05.01.489280
前回の研究では、低酸素刺激の有無（低酸素vs常酸素）のトランスクリプトームデータを約500ペア集め、さらにNCBIがPubMedから作成しているgene2pubmedの情報を使うことでビブリオーム(bibliome)データを統合したメタ解析を行った。
Multi-Omic Meta-Analysis of Transcriptomes and the Bibliome Uncovers Novel Hypoxia-Inducible Genes
https://doi.org/10.3390/biomedicines9050582
その際出てきたnon-coding RNA (ncRNA) metabolic processに関わる遺伝子群の発現減少の謎に迫るべく、研究を進めた。 そして、FANTOM-CATという、理研のFANTOMプロジェクト によるncRNAをさまざまなレベルで含めたトランスクリプトームセットを使った探索的なメタ解析を行った。
前作がちょうど一年前(2021年)の5月に出てから丸一年での次の論文で、本当すごいです…。
Our preprint is now published in #bioRxiv ! Successive and thorough study on meta-analysis of hypoxic transcriptomes for the previous study "Multi-Omic Meta-Analysis of Transcriptomes and the Bibliome Uncovers Novel Hypoxia-Inducible Genes" https://t.co/ORblt82RoB #bonohulab https://t.co/Lbnj8VLpPe
— トクニンティヌス a.k.a. バイオインフォマティクスを教えるニンキあり1年毎更新トクニン教員 (@bonohu) May 1, 2022