Meta-analysis of RNA Sequencing Data of Arabidopsis and Rice under Hypoxia published
低酸素環境下における植物トランスクリプトームのメタ解析論文出版
bioRxivにもアップしてあった論文を査読済み論文として出版。
Meta-analysis of RNA Sequencing Data of Arabidopsis and Rice under Hypoxia
https://doi.org/10.3390/life12071079
知り合いの先生がMDPIのLifeでSpecial Issue State of the Art in Plant ScienceのGuest Editorされてて、そこに出させていただいた形。
今回の解析の源流は、ちょうど10年前の2012年に、札幌の北のシャトレーゼガトーキングダムであった酸素生物学の内藤コンファレンスでポスター発表する機会をいただいたところにある。
Cross species analysis of hypoxia responsive transcriptomes from public gene expression database, Hidemasa Bono, 第33回内藤コンファレンス「酸素生物学:酸素濃度に対する生物応答とその制御破綻による疾患」, 2012年06月26日, 通常, 日本語, 札幌
その際に参加されてた植物の研究者から、植物の低酸素ストレスの話を聞いて、いつかやりたいと思っていた、植物の低酸素ストレスによるトランスクリプトーム解析。 その時から10年経ってトランスクリプトーム解析手段がマイクロアレイからRNA-Seqになったものの。 植物が専門の研究員がラボにjoinして、その方に公共RNA-Seqデータのメタ解析の練習がてらに始めてもらった研究が低酸素環境下におけるシロイヌナズナとイネのRNAシーケンスデータのメタ解析論文として論文に今回なった。
Published なう。植物系でも公共データベースからのメタ解析、ガンガンやって行きますよ！
— 崖っぷちのボニョ a.k.a. 大学院でバイオインフォマティクスを教えるニンキありなトクニンティヌス (@bonohu) July 19, 2022
Meta-Analysis of RNA Sequencing Data of Arabidopsis and Rice under Hypoxia.
DOI: 10.3390/life12071079https://t.co/T46D6vN73H #mdpilife https://t.co/MPySx38Xcc