Python for Bioinformatics 2nd Eds in Japanese published
Pythonによるバイオインフォマティクス 原著第2版 出版
前にぼうのブログのエントリでも言及した、Pythonによるバイオインフォマティクス原著第2版が出版された。 そのせいか、ご恵送いただいた。ありがとうございました。
第一印象はゴツい、という感じで、その証拠に総ページ数が400を超えている。 拙著DrBonoBonやDrBonoDojoが約200ページなので、この2冊分ぐらいのページ数ということになろう。 値段もちょうどそのぐらい。
本には詳細な目次のみが掲載されているが、簡易版の全体が見通せる章だては以下の通り（前にも掲載したが）。
【I プログラミング】 第1章 はじめに 第2章 最初の一歩 第3章 プログラミングの基礎：データ型 第4章 プログラミング：フロー制御 第5章 ファイルの取扱い 第6章 コードのモジュール化 第7章 エラー処理 第8章 オブジェクト指向プログラミングの概要 第9章 Biopythonの紹介 【II 高度なトピック】 第10章 Webアプリケーション 第11章 XML 第12章 Pythonとデータベース 第13章 正規表現 第14章 Pythonでのグラフィクス 【III コメント付きPythonソースコードレシピ】 第15章 配列の一括操作 第16章 ベクターコンタミネーションフィルタのWebアプリケーション 第17章 Primer3を用いたPCRプライマーの検索 第18章 プライマーセットの融点計算 第19章 GenBankファイルから特定のフィールドを除く 第20章 スプライシングサイトの推定 第21章 マルチプルアライメントのためのWebサーバ 第22章 データベースに格納されたデータを用いたマーカ位置の描画 第23章 制限のあるDNA変異
Pythonを学ぶ本は多数出ているが、生命科学向けとなるとあまりない。 「I プログラミング」や「II 高度なトピック」の内容は他所でも扱われているが、「III コメント付きPythonソースコードレシピ」はこの本の大きな特徴で、実用性が高いコードが解説とともに掲載されている。 また、「I プログラミング」で例として挙げられている「配列」が塩基配列やアミノ酸配列となってて、他書によりも生命科学者にとっては親しみやすいのではないかと。
もうちょっとしっかり読み込んで後日追記していきたい。