Seminar at Osaka University

RNA-Seqデータ解析セミナー@大阪大学微生物病研究所

大阪大学微生物病研究所にセミナーで呼ばれたので、大阪大学吹田キャンパスまで遠征。 きっかけは、2019年12月に福岡であった日本分子生物学会年会でお会いした際にセミナーお願いされたこと。

当初の予想を上回る数の方々にセミナーにお越しいただいた。 話し始めた直後はちょっとビックリしていたのが本当のところ。

「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」(略称、RNAseqレシピ本) の内容への導入となるような話を心がけたが、結局概論と自らの実例を紹介した。 話のTable of contentsはこんな感じ。

  1. 生命科学データ解析とはーRNA-seqデータ解析を中心に
  2. 公共データベースとその活用
    1. 遺伝子発現の公共データベース
    2. リファレンス発現データセット
    3. 低酸素トランスクリプトームのメタ解析

RNAseqレシピ本だけを読み進めた場合にぶつかるであろう壁として、コマンドラインインターフェース(CUI)での操作が予測される。 そこで今回は、わりとくどめに「データ解析実践道場」も併用してCUIを学ぶことを推奨してみた。

今回は、ウェットメインの方だけでなく、ドライ専門の方も聞きに来られるだろうという考えもあって、ちょうど1年前に出版した「生命科学データ解析を支える情報技術」の章立て俯瞰図を使い、話の導入にするなど、新しい試みもしてみた。

多くの方にお集まりいただいたものの、果たして講演は彼らの思っていた通りだったのだろうか? それはわからなかったが、終了後の時間には実践的な質問を多数いただいた。 最近の講演ではあまりないパターンで、これもまた驚いた。

また、セミナー終了後には、かつて大変お世話になった懐かしい方ともかなり久しぶりにお会いできたり。 セミナーをアレンジしていただいた、大阪大学 微生物病研究所 遺伝情報実験センター ゲノム解析室の皆様に感謝申し上げます。


Written by Hidemasa Bono in RNAseqRecipe on 金 31 1月 2020.