What's new in RNA-Seq recipe 2
RNAseqレシピ本2で何が新しくなったか
先のエントリで第一報をお届けした「改訂版RNA-Seqデータ解析 WETラボのための超鉄板レシピ ヒトから非モデル生物まで 公共データの活用も充実」 だが、Amazonでも予約できるようになったようなので今回のアップデートに関して追記したい。
まずは、2023年現在に合うように全てのレシピがアップデートされた点が大きい。 Apple silicon macやWindows上のWSL2でどのようにしてツールを動かしているか、1章の解析環境構築で実際に私がやっている（教えている）方法を解説した。 プログラムの種類によっては動かないものもあるが、そのnativeに動かない場合にDocker上で動かすやり方に関しても。
また、書名が長くなり、その追加部分には、
ヒトから非モデル生物まで 公共データの活用も充実
とあり、ここが今回のアップデートのポイントである。 これまで全体的に、ヒトやマウスでのRNA-Seqデータ解析を想定していたのが、非モデル生物に対するその解析のレシピが増強されているほか、4章にコラム「非モデル生物における機能アノテーション」が追加されている。 さらに、公共データベースにあるRNA-Seqデータを利活用してメタ解析を行う章 「8. 公共データから興味あるデータを抽出，発現変動遺伝子群を検出する（メタ解析）」 が新設されている。 ここには、ikra を使ったヒトやマウスのRNA-Seqデータメタ解析のみならず、非モデル生物の生物種間比較によるトランスクリプトームのメタ解析までもがレシピ化されている。 さらにPubmedにある文献情報（とそれにリンクしてる遺伝子情報）全体である「ビブリオーム」を活用したマルチオミックス解析のコラムを、実際にその手法開発した修了生に書いてもらった。
その結果、前にも述べられたように、改訂版では総ページ数が302となっており、前回よりも約2割増しに。 それなのに値段が約1割増で済んだのは広告を出してくれたみなさんのおかげ。 ありがとうございました。
なお、この本のtwitterのハッシュタグは #RNAseqRecipeのつもり。 この本に関わるtweetはこのハッシュタグを是非。