WSL2 for Bioinformatics
WSL2でバイオインフォマティクス
Windows Subsystems for Linux2(WSL2)を使って、ubuntuをインストールしたことは2ヶ月ほど前のエントリに書いた。
その際、いくつかのツールがaptの仕組みを使ってインストールできることも確認し、実際に重めのBLAST検索をやってみるなどもうまく行った。
実際のバイオインフォマティクスの現場で使えるか？
それを検証するためにこのqiitaの記事とDockerのドキュメントを参考にDockerをインストール、cmatrixを動かしてみたり。
% docker run --rm --log-driver none -it beezu/cmatrix
これでMacと同様にDockerなツールをお試しで動かしてみるということもWSL2上でできるはず。
さらに使いやすくするために、Biocondaをインストールするなど。 普通にBiocondaのドキュメントの通りインストールするだけだが、特に何かコツがあるわけでもなくWindowsではなくLinuxとしてインストールするということだけ。 Biocondaが入ったら
% conda install -c bioconda emboss
などとすると普通にEMBOSSがインストールできる。 これでEMBOSSのプログラム資産が利用できる。 なんて素晴らしいことではありませんか。
その際、気になったのがコピー＆ペーストが普通にできないということ。 ちょっと調べたところ、実はできることが判明。 以下にtweetしたように、ubuntuのプロパティを表示して、「Ctrl+Shift+C/Vをコピー/貼り付けとして使用する」にチェックを入れると、Ctrl+Shift+C/Vでコピー/ペーストができるようになる。
WSL2でコピペできないのはがやっと解消した。プロパティで「Ctrl+Shift+C/Vをコピー/貼り付けとして使用する」のチェックを入れる必要が。しかし、なぜデフォルトで有効化されてない？ pic.twitter.com/PNyJK4xDoR
— bonohu / ぼうのう ひでまさ (@bonohu) September 27, 2020
これでまたできないことが減った。