AOE paper published
公共遺伝子発現DB目次AOEの論文がPLOS ONEにpublished
2019年5月のCold Spring Harbor Laboratory Meeting、The Biology of Genomesに参加、ポスター発表する前に、学会発表する前にはその内容をbioRxivにアップするという慣例に基づき、公共遺伝子発現DB目次AOEに関するプレプリントをアップした。
All of gene expression (AOE): an integrated index for public gene expression databases. bioRxiv 626754; doi:
https://doi.org/10.1101/626754
bioRxivにアーカイブした、そのままでも良かったのだが、
将来的にどう流れていくか解らないしどうせbioRxivに投稿する所まで完成しているのなら査読誌に通しておこう （research for the best cure™::blog-for hypoxia research-の公共DBのデータのメタ解析が査読論文誌に掲載されました より引用）
という流れで、査読誌にも投稿してみることに。
まずは Nucleic Acids Research のDatabase特集号に（pre-submission inqueryとして）出してみたが、門前払い。 ご新規さんには高嶺の花なのだろうか、それとも…。
次に、bioRxivからSubmit bioRxiv Preprint to a Journal or Peer Review Serviceの機能を使って Gigascience に出してみたものの、1ヶ月ほど放置されたのちにEditor kick。 データベースの論文に対して論文誌は冷たいな、と痛感。
そこで、PLOS ONE に内容のよくわかってくれそうなEditorを見つけたので、その人を指定して投稿。 それが福岡でのBiohackathon 2019の始まる前の8月末。 Biohackathon Europe 2019などの出張で出ずっぱりの季節にReviseがきたが、なんとか2回で分子生物学会年会の終わった12月10日にaccepted。 しかしながら、クリスマスや年始休暇などがあって、年が明けた1月も後半の2020年1月24日にやっとpublished。
Bono H All of gene expression (AOE): An integrated index for public gene expression databases. PLoS ONE 15: e0227076 (2020)
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0227076
この間、この論文がacceptedとなるちょっと前に投稿した別の論文が投稿から40日でpublishedとなって抜き去られる、という不思議な体験も。
あと、この論文はAOEをやっていた研究者は私だけということで、単著論文（自分がfirst, last, corresponding authorのすべて）となった。 これで査読誌に掲載された論文のうち単著は2本目。 前回は、以下の15年前のSayaMatcher論文だった。
Bono HU SayaMatcher: genome scale organization and systematic analysis of nuclear receptor response elements. Gene 364:74-78 (2005)
https://doi.org/10.1016/j.gene.2005.05.039
最後に伝えたいことが一つ。 なんと、EditorからのDecision letterや私からのrebuttal letterのやり取りがこの論文のPeer Reviewメニューからアクセスできるページで全て公開されている。 こういうやり取りを経て論文は受理されるのであるが、みたことがない方にはもの珍しいかと。 またこれからそれを経験する人には参考になるのではないかと。